Sau sáp nhập, Sở Nông nghiệp và Môi trường Hải Phòng có lãnh đạo mới với 1 Giám đốc và 9 Phó Giám đốc. Số lượng Phó Giám đốc có thể cao hơn quy định nhưng sẽ được giữ nguyên trong 5 năm để đảm bảo ổn định. Ở cấp chi cục, phòng và tương đương, cơ cấu nhân sự được sắp xếp đan xen giữa cán bộ của hai sở cũ với 88 vị trí lãnh đạo.
